Les collections permanentes du Musée d’Histoire de Ouidah retracent l’histoire et les traditions des habitants de la région. En commençant par des objets provenant de l’ancien Fort Portugais (siège du musée), les collections dévoilent aux visiteurs, à travers des objets, images et ouvrages exposés, l’histoire des royaumes de Xwéda et du Dahomey qui, en quête des richesses et du pouvoir, ont tout misé sur le commerce négrier avec les Européens. Photographies et ouvrages illustrent l’impact de la culture en provenance du Bénin sur les sociétés du Nouveau Monde ; ils mettent en relief, également, les effets du rapatriement massif en direction du Bénin après le déclin du commerce négrier. Quant aux traditions religieuses locales, elles sont illustrées à travers plusieurs objets cultuels ainsi que des photographies des cérémonies locales.

En plus des collections permanentes, le musée abritera, à partir du 17 juin 2006, l’exposition intitulée « Les Communautés Perdues du Royaume de Xwéda ». L’exposition enrichira les collections du Musée d’Histoire de Ouidah à travers l’illustration de la vie de campagne au royaume de Xwéda.